两种途径在商标注册申请审查方面并无差别，主要是发生联系的方式、提交的书件、文件提交和送达方式稍有差别。

区别一：在发生联系的方式方面，自行办理的，在办理过程中申请人与国家知识产权局直接发生联系；委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与国家知识产权局发生联系，而不直接与国家知识产权局发生联系。

区别二：在提交的书件方面，自行办理的，申请人应按规定提交相关书件；委托商标代理机构办理的，申请人还应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。

区别三：在文件提交方式方面，申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件提交到国家知识产权局商标局（下称商标局）商标注册大厅，也可到商标局驻中关村国家自主创新示范区办事处、商标局在京外设立的商标审查协作中心、商标局委托地方市场监督管理部门或知识产权部门设立的商标受理窗口办理，申请人还可以通过网上申请系统提交；商标代理机构可以将申请文件直接提交、邮寄提交或通过快递企业提交给国家知识产权局，也可以通过网上申请系统提交。

区别四：在文件送达方式方面，申请人自行办理的，国家知识产权局的各种文件是送达当事人；委托商标代理机构办理的，文件送达至商标代理机构。